高通量药物筛选转录组测序
快速、高通量、全面的转录组信息助力药物发现
随着分子生物学和功能基因组的研究发展,新颖靶标大量增加,传统的筛选方式已无法满足新药研发需求。这种情况下什么样的高通量药物筛选技术能够更好地进行药效评价与机制探索?如何打破研发初期药物候选数量与筛药工作效率的矛盾
序祯达技术平台可以助力解决这些难题,在进行数百种候选药物和实验条件的高通量筛选时,实现全部样本的全转录组同时检测,获取丰富的药物作用信息。利用表达谱分析精准定位药物影响细胞的特异代谢途径,同步揭示药物后细胞转录变化,全面、深入评估候选药物,提升药物发现的效率和成功率。
技术方案
高通量转录组测序结合了样本条形码和一步法逆转录扩增反应,在高通量板中一步完成细胞裂解、添加条形码和逆转录,高效获取各孔中c D N A 分子,在混合纯化后构建一个含有全部样本信息的转录组文库,在测序后根据样本条形码信息拆分出不同药物处理样本的对应数据,进行后续分析。
方案优势
通量高、周期短、成本低
以384孔或96孔细胞培养板为单位,整板样本一次建库,快速获取所有样本全转录组数据,成本大大低于常规转录组测序。
基因检出与常规方法相当
高通量转录组测序对不同表达量基因的检出效果均与常规方法相当。
图:高通量转录组测序方法与常规方法的检出基因组比较
可靠的数据质量
样本重复测试结果显示高数据重复性和方法的稳定性。
图:样本重复测试的数据相关性比较
全面的转录组研究
全转录组数据支持全面差异表达基因和信号通路分析。
应用场景
产品内容
产品项目 | 样本需求 | 交付内容 |
高通量转录组测序:细胞利用样本条形码和一步法逆转录扩增反应形成cDNA,构建RNA文库上机测序。测序数据量:1 Gb PF data/孔。 | 悬浮细胞或贴壁细胞,96孔板或384孔板,每孔200-10000个细胞。贴壁细胞:约占孔容量的50%-60%;悬浮细胞:药物处理前约20000个。 | 原始数据,数据碱基质量评估及数据预处理。 标准分析:数据比对,基因表达定量等。 高级分析:差异基因分析,信号通路分析等。 |