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产品介绍

单细胞表达谱分析能够揭示单个细胞的基因表达情况，有效解决组织样本细胞异质性的问题，是肿瘤细胞异质性、免疫细胞群体以及胚胎发育研究的重要技术
。在肿瘤
、发育生物学、神经科学等领域发挥至关重要的作用
，正成为生命科学研究的焦点
。

10x Genomics公司的单细胞基因表达谱解决方案（The Chromium Single Cell Gene Expression Solution）利用微流体技术，通过barcode区分不同细胞，独立分子标签（Unique Molecular Identifier
，UMI）区分不同转录本。借助该技术可获得单细胞水平的基因表达信息，从而实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测，有助于发现新的稀有细胞类型

，并深入了解细胞生长过程中的表达调控机制
。

应用方向

技术优势

技术参数

实验流程

生物信息分析流程

重要分析结果展示

经典案例解析

单细胞表达谱方案发现肠内分泌谱系细胞具有肠道干细胞活性

作者对肠道干细胞进行单细胞表达谱分析，研究肠道干细胞之间的内在联系
。其中，作者发现Bmi1-GFP+和Prox1+细胞为肠内分泌谱系细胞，在体内平衡和损伤诱导的再生过程中具有肠道干细胞活性
。首先
，作者对流式分选的不同肠道干细胞（Intestinal stem cells, ISCs）群体进行表达谱测序。通过层级聚类分析发现Bmi1-GFP+和mTert-GFP+细胞组成Cluster 2，其中Bmi1-GFP+细胞含有丰富的肠内分泌（enteroendocrine，EE）细胞标记物，包括Prox1基因
。同时

，作者通过体内实验证明了Prox1+和Bmi1+肠上皮细胞的功能相似。随后，通过对2个批次（共计1051个）的Prox1-GFP+单细胞进行表达谱分析

，作者发现Prox1基因与EE和Tuft细胞的标记基因共表达。流式分选并比较分析了1,607个Lgr5-eGFP+细胞，658个隐窝Bmi1-GFP+细胞
，246个Prox1-GFP+细胞，1,010个Lgr5-eGFP-单细胞表达谱数据
，发现Prox1-GFP+和Bmi1-GFP+细胞一样表达EE细胞标记基因。最后，作者通过SPADE（panning Tree Progression of Density-normalized Events）分析揭示了Prox1-GFP和Bmi1-GFP细胞的发育轨迹
。文章运用单细胞表达谱研究干细胞异质性和细胞谱系
，并对干细胞标记物进行预测，从而推动肠道再生过程中EE细胞可塑性的研究。